История кафедры началась с создания кафедры агрономических дисциплин 8 июня 1992 года. В соответствии с приказом директора первым заведующим была назначена Панова Татьяна Андреевна.
В июле 1995 года на базе кафедры агрономических дисциплин созданы две кафедры: кафедра селекции, семеноводства, технологии хранения и переработки продукции растениеводства, которую возглавил кандидат сельскохозяйственных наук Юрий Степанович Ларионов и кафедра растениеводства, её возглавил кандидат сельскохозяйственных наук Браун Владимир Адамович.
В сентябре 1995 года из состава кафедры растениеводства выделена кафедра агроэкологии, агрохимии и почвоведения, которую возглавил доктор сельскохозяйственных наук, профессор Синявский Василий Андреевич.
С 1997 года работу кафедры возглавил кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Красножон Сергей Михайлович.
В 2011 году в ходе оптимизации кафедра «Технологии производства и переработки сельскохозяйственной продукции» и кафедра «Земледелия, растениеводства и плодоовощеводства» были объединены. Объединённую кафедру возглавил доктор сельскохозяйственных наук, старший научный сотрудник Глухих Мин Афанасьевич.
С 2014 года работу кафедры возглавил кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Красножон Сергей Михайлович.
В ходе дальнейшей оптимизации структуры ВУЗа в январе 2017 года в состав кафедры вошла кафедра «Механизации и электрификации сельскохозяйственного производства», которая получила своё название в результате объединения в 2011 году в трёх кафедр: сельскохозяйственных машин и профессионального обучения обучения; тракторов и автомобилей; информатики, экономики, организации и управления производством. Заведующими этих кафедр в разные годы были кандидат технических наук, доцент Поликутин Н. Г, кандидат технических наук, профессор Лепехин А.Т., кандидат технических наук, д-р техн. наук, доцент Шепелёв Сергей Дмитриевич.
С апреля 2023 года исполняет обязанности заведующего кафедрой Киреева Наталья Васильевна, кандидат биологических наук.
В составе кафедры 25 человек профессорско-преподавательского состава и 5 человек учебно-вспомогательного персонала. Остепененность кафедры составляет 64 %.
Научная библиотека представляет виртуальную выставку: «СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННАЯ ЭКОЛОГИЯ: в помощь учебному процессу».
Научная библиотека представляет виртуальную выставку «МИКРОБИОЛОГИЯ: в помощь учебному процессу». Выставка содержит издания из фонда Научной библиотеки в Институте агроэкологии и электронные издания из коллекций электронно-библиотечной системы «Лань». Доступ к полнотекстовым изданиям осуществляется через Личный кабинет в ЭИОС Южно-Уральского ГАУ.
3 сентября 2023 года исполняется 60 лет со дня рождения, доктора биологических наук, профессора кафедры «Агротехнологий и экологии» Института агроэкологии Игоря Васильевича Синявского. Научная библиотека представляет выставку «ИГОРЬ ВАСИЛЬЕВИЧ СИНЯВСКИЙ. К юбилею учёного».